Megint beindult a baloldalon az a mantra, ami szerint az egyetlen igazi keresztény álláspont az LMBTQ-tanok elfogadása, és ezt Ferenc pápa is támogatja – mindezt az elfogadás jelszavával támasztják alá. Ferenc pápa legutóbb
épp a Karmelitában mondott beszédében ítélte el a gender-elméletet mint ideológiai gyarmatosítást.
Ez a tétel évek óta központi jelentőségű a pápa számára, gyakran hangoztatja.
Híres „ki vagyok én, hogy megítéljem?” kijelentése mellett 2015-ben azt nyilatkozta, hogy a melegházasság ötlete „eltorzítja Isten teremtésre vonatkozó tervét”, sőt: a családot szerinte veszélyeztetik olyan erők, amelyek újra akarják definiálni a házasság intézményét. A pápa támogatni látszott azt a szlovákiai népszavazást, amely azt célozta, hogy megtiltsák Szlovákiában a melegházasságot és az azonos nemű párok örökbefogadását.
Egy 2020-as interjúból ugyan úgy tűnik, mintha Ferenc pápa támogatná az azonos nemű párok számára a bejegyzett élettársi kapcsolatot, de később a Vatikán úgy nyilatkozott, hogy a 2019-es interjúból való részlet másra vonatkozott, és a 2020-as szövegben a szerző két más kérdésre adott választ csúsztatott egymásra. 2019-ben a pápa megjegyezte, hogy egy tendencia, orientáció nem bűn, a cselekedet bűn.
2020 januárjában figyelmeztetett, hogy a meleg gyermekek szüleinek elítélés helyett támogatniuk kell gyermeküket. Egy 2023 januári, Associated Pressnek adott interjúban kifejtette, hogy a homoszexualitás kriminalizálása igazságtalan, és a katolikus püspököknek üdvözölnie kell a melegeket az egyházban, hiszen ők is Isten gyermekei. Mint fogalmazott: a homoszexualitás „nem bűncselekmény. Igen, viszont bűn.”
Elítélte a genderszakokat is, a gender-elméletet pedig korunk „legveszélyesebb ideológiai gyarmatosításának” nevezte. Hozzátette: azon elméletek, amelyek szerint a nem egy spektrum, nem fogadják el a teremtés rendjét. Sőt, arra is rámutatott, hogy
nem szabad összemosni a nem heteroszexuális emberek lelkipásztori igényeinek ellátását a gender-ideológia elfogadásával.
A transzneműséggel kapcsolatban 2016-ban, Azerbajdzsánból hazafele leszögezte, hogy a nemváltás rossz, de a transzneműeknek is ugyanolyan lelkipásztori segítség jár, mint másoknak.